由于地處海邊，底層架空設計有益于潮氣的散發和對流。建筑的全系統低能耗設計以及屋面雨水和生活污水的全收集使它成為名副其實的生態建筑。萬科中心的地面景觀設計中大量采用地面滲水設計，以收集雨水。整個景觀中的花園種植物種絕大部分采用耐旱和低維護的物種，花園的灌溉也全部利用雨水和中水，這樣就減少了對自來水的消耗和依賴。萬科中心花園中設計的人工濕地實現了對污水的凈化。

　　由于萬科中心表達出對自然和人文的高度尊重，萬科中心獲得美國綠色建筑先鋒獎（LEED）鉑金認證。