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　　本次評估工作是按照環境保護部、國土資源部、水利部、農業部、國家林業局、中國科學院、國家海洋局聯合下發的《關于開展國家級自然保護區管理評估工作的通知》（環辦[2008]19號）的要求，采取實地考察、資料和文件查閱、聽取自評估報告、與相關利益者座談、討論評議、評估打分、最終評定管理水平等級的評估方式進行的。

　　7月7日，評估組聽取了九段沙保護區管理署的工作匯報，實地檢查了九段沙濕地的現狀，并檢查了保護區成立以來的相關資料、文檔和文件；7月8日評估組與保護區周邊社區及本保護區工作人員進行了座談；經過評估，九段沙濕地國家級自然保護區的評估得分為87分，管理水平等級為“優”。7月9日，評估組實地檢查了崇明東灘鳥類國家級自然保護區管理處辦公樓、捕魚港管護站、白港管護站、團結沙管護站、北八滧管護站及北八滧環境教育中心等基礎設施，聽取了保護區管理處的匯報，查閱了保護區管理處的檔案；7月10日，評估組與崇明水務局堤防站、上實公司、陳家鎮政府、崇明東灘濕地保護區派出所、邊防武警崇明東灘派出所及保護區管理處職工代表進行了座談，經過評估，崇明東灘鳥類國家級自然保護區的評估得分為89分，管理水平等級為“優”。

　　評估組認為，九段沙濕地國家級自然保護區和崇明東灘鳥類國家級自然保護區的管理工作已得到了各級政府和有關部門的高度重視，上海市人民政府先后頒布和實施了《上海市崇明東灘鳥類自然保護區管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區管理辦法》，將保護區保護管理工作納入了依法管理的軌道；保護區管理機構基本健全，人員配置比較合理，運行經費保障程度高；保護區管理工作規范，保護成效顯著，已經成為了具有自身特點的示范保護區。

　　同時，評估組也指出，上海市國家級自然保護區管理仍然存在以下問題：

　　1、外來物種――互花米草對崇明東灘和九段沙濕地生態系統的健康及生物多樣性已造成威脅。

　　2、《上海市崇明東灘鳥類自然保護區管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區管理辦法》的部分規定已不適于保護區的現狀，給保護區的依法管理帶來了困難。

　　3、九段沙自然保護區管理署的機構設置不夠完善，給保護區有效開展對外協調和交流帶來了很大的難度。

　　4、保護與開發的矛盾依然存在。如人類活動對崇明東灘自然保護區周邊環境的壓力日益增大，對保護區的主要保護對象存在一定的影響。

　　5、保護區的基礎設施和能力建設方面尚有一定差距。比如崇明東灘保護區管理處的辦公用房目前還是租用其他單位的，這不利于保護區總體規劃實施及功能性設施建設。